정부가 독파모 2차 단계평가 결과 기업별 순위와 세부 점수를 공개하지 않아 투명성 논란이 일었어요. 기업별 순위와 세부 점수 공개 요구에 정부는 평가 항목별 1위 기업과 점수를 추가 공개하기로 했어요. 하지만 4개 정예팀의 전체 점수와 최종 순위는 공개되지 않았어요.